Julen Lopetegui es el actual seleccionador de los equipos nacionales sub-21, sub-20 y sub-19. En estos tres años ha logrado importantes éxitos como la conquista del europeo de 2012 con la sub-19.

En julio de 2010 fue nombrado director técnico de la Selección de fútbol sub-19 de España, cargo que lleva además aparejado la dirección de la Sub-20.

Estuvo al frente de los sub-20 en el Mundial de la categoría disputado en Colombia en 2011, donde la selección cayó eliminada en la tanda de penaltis en cuartos de final ante la futura campeona, la selección brasileña.

En julio de 2012 dirigió la Sub-19, revalidando el título obtenido por la selección española. Con esta victoria, España acumuló su sexto título europeo de los once torneos disputados.   

España conquistó el título europeo sub'19 al derrotar a Grecia (1-0), gracias a un gol de Jesé Rodríguez. Sobre el papel de su equipo, Lopetegui describió aquel día las claves de su equipo que completó "un campeonato fantástico", donde "han trabajado mucho para ganar de forma brillante, respetando el estilo que todos queremos ... El gran mérito es de los jugadores".

El seleccionador español Sub-19 aseguró sentirse "muy orgulloso" de su equipo, que conquistó el campeonato de Europa de la categoría. "Tenemos que sentirnos muy orgullosos de lo que estamos consiguiendo. Orgullosos de las generaciones fantásticas que vienen y de las que ya existen; de un estilo y de los valores que transmite".

Desde agosto de 2012 está a cargo de la selección sub-21 en sustitución de Luis Milla.

El gran reto para este año es el Mundial sub-20 de Turquía de este verano: El año pasado el equipo fue creciendo desde la derrota ante el Getafe B y, en todos los partidos posteriores fuimos maquillando cosas, cambiando algunas pautas y el equipo fue creciendo hasta el punto de competir muy bien en el europeo. Este año ese es el objetivo desde el primer día que es hoy".